Variole du singe : Une version mutée du virus à l’origine de cette épidémie ?

Des milliers de cas confirmés de variole du singe dans le monde, de nouvelles contaminations identifiées chaque jour, et un virus qui suscite de plus en plus de craintes sur le globe. Jeudi, l’Organisation mondiale de la santé (OMS) a appelé les pays à la vigilance et à la transparence face à cette flambée d’une ampleur inhabituelle, et a réuni des experts internationaux pour déterminer si la situation constitue une « urgence de santé publique de portée internationale », comme c’est le cas pour la pandémie de Covid-19.

Une recrudescence inhabituelle

Depuis début mai, une recrudescence inhabituelle est observée en dehors des pays d’Afrique centrale et de l’Ouest, où le virus est endémique tout en y générant d’ordinaire assez peu de cas. Depuis les trois cas de variole du singe identifiés il y a un peu plus de six semaines au Royaume-Uni, dont aucun n’avait récemment voyagé récemment en dehors du pays, les contaminations se multiplient.

« Plus de 3.200 cas confirmés de variole du singe et un décès ont été signalés à l’OMS dans 48 pays, dont le Nigeria », a détaillé le directeur général de l’OMS, Tedros Adhanom Ghebreyesus. En France, 330 cas ont été recensés, selon les derniers chiffres de Santé publique France.

« En outre, depuis le début de l’année, près de 1.500 cas suspects (…) et environ 70 décès ont été signalés en Afrique centrale, principalement en République démocratique du Congo, mais aussi en République centrafricaine et au Cameroun », a poursuivi le chef de l’OMS. « On ne s’attendait pas à avoir un aussi grand nombre de cas. Et il est un peu difficile de voir quelle est la partie émergée de l’iceberg », notamment parce que le dépistage n’est pas facile, a indiqué Philippe Duneton, directeur exécutif d’Unitaid, organisation qui aide les pays pauvres à prévenir, diagnostiquer et traiter les maladies.

47 mutations recensées dans la souche actuelle

Dans la flambée actuelle, dont l’Europe est à ce jour l’épicentre mondial, la majorité des cas concerne jusqu’à présent des hommes ayant des rapports sexuels avec des hommes (HSH). Bien que la transmission puisse se produire par contact rapproché, comme une relation sexuelle, la variole n’est pas une infection sexuellement transmissible.

Comment cette épidémie sortie de son berceau endémique peut-elle s’expliquer ? C’est la réponse que tentent de trouver des chercheurs de l’Institute of Evolutionary Biology de l’Université d’Edimbourg en Ecosse, qui ont analysé le génome du monkeypox et mis au jour un nombre anormalement élevé de mutations. Contrairement au Covid-19, qui est un virus à ARN et est capable de porter des dizaines de mutations, la variole du singe est un virus à ADN double brin enveloppé, de la famille des Poxviridés. Et dans cette famille, à laquelle appartient la variole classique, le taux de mutation du virus est plutôt d’une à deux mutations par an. Or, en comparant la souche actuelle de monkeypox aux souches qui ont causé des contaminations entre 2017 et 2019, les chercheurs ont découvert pas moins de 47 mutations dans la nouvelle version.

Parmi elles, 42 portent la signature distincte d’une enzyme antivirale appelée « Apobec3 », censée aider le système immunitaire à forcer le virus à commettre des erreurs lorsqu’il se réplique, et ainsi le pousser à s’autodétruire. Alors que le monkeypox est à l’origine « considéré comme un virus zoonotique avec une transmission interhumaine limitée, cette longue branche [de mutations] peut être la preuve d’une adaptation du virus à l’être humain », avancent les chercheurs. Et désormais, c’est aux humains contaminés qu’il est recommandé d’éviter les animaux de compagnie afin qu’ils ne leur transmettent pas le virus.

Une « transmission interhumaine soutenue » depuis plusieurs années

Connue chez l’être humain depuis 1970, la variole du singe, ou « orthopoxvirose simienne », est pourtant une maladie considérée comme rare, due à un virus transmis à l’être humain par des animaux infectés. Ainsi, de nombreux cas en Afrique ont été attribués à des contacts avec des animaux sauvages. Or, dans la flambée actuelle, la transmission interhumaine est au premier plan. Au point que l’OMS juge probable que le nombre réel de cas soit supérieur, et considère que le virus devait déjà circuler avant la flambée actuelle – peut-être depuis 2017 – sans que sa transmission ne soit détectée.

Une hypothèse que vient corroborer l’analyse menée par les chercheurs écossais, qui estiment que « le schéma que nous voyons dans ces génomes de variole du singe depuis 2017 indique une réplication chez l’homme, et que l’héritage des changements spécifiques survenus entre 2017 et 2018, puis dans les virus à partir de 2022, signifie qu’il y a eu une transmission interhumaine soutenue, depuis au moins 2017 ».